微生物包括：细菌、病毒、真菌以及一些小型的原生生物、显微藻类等在内的一大类生物群体，它个体微小，与人类关系密切。微生物非常小，必须通过显微镜放大约1000 倍才能看到。比如中等大小的细菌，1000个叠加在一起只有句号那么大。微生物千姿百态，有些是腐败性的，即引起食品气味和组织结构发生不良变化。有些能导致人类传染病的流行，在人类疾病中有50%是由病毒引起。微生物导致人类疾病的历史，也就是人类与之不断斗争的历史。当然有些微生物是有益的，它们可用来生产如奶酪，面包，泡菜，啤酒和葡萄酒。食品微生物学涉及病毒、细菌、真菌多种微生物，除研究这些微生物的一般生物学特性外，还探讨它们与食品有关的特性。

食品微生物检测的重点食品种类为：奶制品、罐头食品、调味品、蛋制品、淀粉类制品、发酵和非发酵性豆制品、冷冰饮品、糖果、饮用天然矿泉水等，其中食糖以及保健品的微生物检验为我国所独有。目前，我们国家对于食品微物检测主要指有菌落总数、大肠菌群和致病菌三项。